Theo báo cáo của ngành Thuế, 6 tháng đầu năm 2017, cơ quan Thuế các cấp đã thanh tra, kiểm tra được 36.664 DN, đạt 40,5% kế hoạch năm 2017, bằng 111,7% cùng kỳ năm 2016. Tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là trên 7.643 tỷ đồng, bằng 134% cùng kỳ năm 2016. Số tiền thuế nộp vào NSNN là trên 3.429 tỷ đồng, đạt 44,8% số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra và bằng 147% so với cùng kỳ năm 2016.
Bàn về vấn đề này, ông Nguyễn Thế Mạnh - Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế kiêm Cục trưởng Cục Thuế Hà Nội nêu: Một vướng mắc mà cơ quan Thuế Thủ đô đang gặp phâi là việc triển khai Chỉ thị 20/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ yêu cầu chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với DN nhằm tránh các đơn vị thanh tra, kiểm tra chồng chéo gây phiền hà cho hoạt động sản xuất, kinh doanh. Tuy nhiên, do đặc thù, ngành Thuế phải có nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra một số nội dung, ví dụ như kiểm tra sau hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế buộc phải có nhưng nếu DN đề nghị hoàn thuế đã tiếp một đoàn thanh tra, kiểm tra về một vấn đề khác rồi thì cơ quan Thuế không triển khai được. Như vậy, không đảm bảo nhiệm vụ được giao.
Có rất nhiều cục thuế cùng chung nỗi lo như thuế Hà Nội, Vì vậy, đa số cục thuế đại phương kiến nghị cần phải có thông tư nhanh chong triển khai chỉ thị 20 của Thủ tướng. Trong khi nhiệm vụ thu NSNN còn khó khăn, ảnh hưởng đến hoạt động quản lý rủi ro tại địa phương. Tham gia ý kiến, Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn cho rằng: Các đơn vị cần quán triệt và chỉ đạo đúng việc thực hiện Chỉ thị 20 của Thủ tướng Chính phủ. Thông tư 20 ra đời ngay sau khi cuộc gặp giữa DN và Thủ tướng ngày 17/5/2017, thể hiện tinh thần cầu thị của Chính phủ trong việc tạo điều kiện thuận lợi, môi trường thông thoáng cho cộng đồng DN kinh doanh. Trong Chỉ thị, bên cạnh yêu cầu thanh tra, kiểm tra không trùng lắp, chồng chéo nhưng Thủ tướng cũng đồng thời yêu cầu phải thực hiện tăng tỷ trọng thanh tra, kiểm tra thuế đối với đối tượng có rủi ro cao về thuế. Giải quyết vấn đề này, Thứ trưởng đề nghị Thanh tra Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Tổng cục Thuế để soạn thảo, ban hành Thông tư thực hiện Chỉ thị 20 đối với ngành Tài chính, trong đó chỉ rõ phạm vi, nội dung, đối tượng cụ thể của công tác thanh tra, kiểm tra.
“Nội dung nào trùng, nội dung nào không trùng ngay trong bản thân cơ quan Thuế, giữa thanh tra của các đơn vị thuộc ngành Tài chính và giữa thanh tra của ngành Tài chính với thanh tra của các bộ, ngành khác. Chúng ta mạnh dạn xin Chính phủ cho phép được thanh tra, kiểm tra trùng vì lĩnh vực khác nhau, đối tượng khác nhau thì vẫn nhằm quản lý những vấn đề khác nhau. Thậm chí, có những nội dung thanh tra, kiểm tra là quyền lợi DN được hưởng chứ không phải tất cả đều là trách nhiệm, nghĩa vụ. Cần thiết, Bộ sẽ xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tư pháp và Thanh tra Chính phủ trước khi ban hành” - Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn nhấn mạnh.